Bonjour,
Je commencerais par vérifier tout d'abord le filtre à air puis la vanne EGR, elle est peut-être tout simplement encrassée et bloquée en position ouverte, en tout cas pour moi ça ne vient absolument pas de la boîte ,je ne vois pas le rapport avec les fumées noires.
Fumée noire = mauvaise carburation.
Salut.